تأسس مركز حريات في القدس عام 1992، كامتداد للجان الدفاع عن الحريات التي تشكلت كمنظمة جماهيرية عام 1985، لمواجهة سياسة القبضة الحديدية التي اعتمدتها سلطات الاحتلال الإسرائيلية، وسجلت رسميا لدى وزارة الداخلية عام 2003 , وفق قانون الجمعيات الخيرية و الهيئات الأهلية رقم (1) لعام 2000.

و استجابة لتحديات حقوق الإنسان و الوقائع التي واكبت قيام وعمل السلطة الوطنية الفلسطينية واستمرار الاحتلال ، قامت حريات بمراجعة مسيرتها لاستكمال بناء قدراتها بما ينسجم و متطلبات حماية الحقوق و الحريات المدنية و السياسية، و بلورة رسالتها و رؤيتها ، وصياغة أهدافها مستندة إلى روابطها الجماهيرية و القيم و المبادئ التي حكمت مسيرتها، و المتمثلة في : التطوع، المساواة، العدالة الاجتماعية ، والالتزام بالتقدم الاجتماعي و الديمقراطية.